В 1928 г., после установления в Нелькане советской власти церковь была закрыта, в помещениях церкви разместился Ревком. В это время разрушены главы, уничтожен иконостас.
В середине 1930-х годов храм реконструирован и приспособлен под сельский клуб. В 1991 году церковь была отреставрирована в соответствии с первоначальным видом для филиала Хабаровского краеведческого музея, а уже в 1992 году передана вновь организованному приходу церкви Благовещения Пресвятой Богородицы.

Храм расположен на склоне холма, занимает главенствующее положение в застройке села Нелькан, органично вписывается в окружающий ландшафт. Объем церкви с колокольней, с тремя луковичными главами, с классическим декором белых наличников крупных окон и карнизами с пропильной резьбой, выделяющимися на темном фоне бревенчатых стен, создает выразительный облик здания.